Politeknik Kesehatan Makassar (POLKESMAS) berdiri berdasarkan SK. Menkes-Kessos No. 298/Menkes-Kessos/SK/2001 tanggal 16 April 2001 yang mengintegrasikan 7 akademi terpisah di Makassar yaitu Akademi Kesehatan Lingkungan; Akademi Perawat, Akademik Gizi, Akademi Fisioterapi, Akademi Farmasi, Akademik Kebidanan, dan Akademi Kesehatan Gigi.
Selanjutnya turut bergabung beberapa sekolah kesehatan lainnya yaitu Keperawatan Pare-Pare dan Analis Kesehatan. Hingga akhir tahun 2020, POLKESMAS memiliki 8 Jurusan, 9 prodi D.III, 8 prodi D.IV dan 3 Prodi Pendidikan Profesi.
Berdasarkan SK Mendikbud RI No. 355/E/O/2012 tentang Alih Bina Penyelenggaraan Prodi pada Poltekkes Kemenkes dari Kemenkes kepada Kemendikbud, maka semua Prodi sudah terakreditasi BAN-LAMPTKes termasuk Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi (AIPT) dengan hasil 7 prodi terakreditasi A dan 10 Terakrditasi B dan 3 yang sementera proses pengusulan akreditasi.